FETÖ/PDY soruşturması kapsamında tutuklanan eski Samsun Garnizon Komutanı Tuğgeneral Mehmet Şükrü Eken, 15 Temmuz 2016 darbe giriminden bir gün sonra gözaltına alınıp 17 Temmuz'da çıkarıldığı mahkemece tutuklandı. Tuğgeneral Mehmet Şükrü Eken (56) hakkında “Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın ön gördüğü düzeni ortadan kaldırmaya veya bu düzen yerine başka bir düzen getirmeye, düzenin fiilen uygulanmasını önlemeye teşebbüs" suçundan Samsun 3. Ağır Ceza Mahkemesinde dava açıldı.
6 Nisan 2018'de yargılandığı mahkemece “Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın ön gördüğü düzeni ortadan kaldırmaya ve ya bu düzen yerine başka bir düzen getirmeye, düzenin fiilen uygulanmasını önlemeye teşebbüs" suçundan müebbet hapis cezasına çarptırılan Mehmet Şükrü Eken, hükümlü bulunduğu Bafra Cezaevinde korona virüse yakalanınca 24 Mart günü Bafra Devlet Hastanesine kaldırılarak tedavi altına alındı. Hastanenin yoğun bakım servisinde korona virüs tedavisi gören Eken dün gece hayatını kaybetti.
Mehmet Şükrü Eken'in cenazesi otopsi için Samsun Adli Tıp Kurumuna gönderildi. Samsun Eğitim ve Araştırma Hastanesi morguna kaldırılan Eken'in cenazesi Samsun Cumhuriyet Savcılığının kararı doğrultusunda korona virüs olması nedeniyle otopsi işlemleri için Trabzon Adli Tıp Kurumu'na gönderildi. Mehmet Şükrü Eken'in cenazesinin otopsi işlemlerinin ardından memleketi Çankırı'da toprağa verileceği öğrenildi.